На основании мозолистых шишек на конечностях, степень развития волос на хвосте и их окраски — не многочисленные виды лошади могут быть разделены на два или три подрода. К первому относится собственно лошадь (equus), с шишками на всех четырех ногах и с сильно развитыми волосами на хвосте; ко второму принадлежишь осел (asinus) с шишками только на передних ногах и с хвостом покрытым длинными волосами (квагга и дау), преимущественно лишь на конце; наконец, в третий подрод можно выделить, так называемых тигровых лошадей (hippotigris). В смысле окраски шерсти у домашних лошадей наблюдается нередко возвращение к признакам предков. К таким явлениям атавизма относятся появление у лошадей светлых мастей темной полосы вдоль спины, иногда с полосами на плечах и на конечностях, на подобие браслетов. Многие склонны видеть и в мастях с яблоками — остатки полосатости.
Вопрос о происхождении лошади еще далеко не решен, хотя сравнительная анатомия, в связи с палеонтологией и геологией и рассеяли до некоторой степени существующей мрак.
Наиболее отдаленным предком нашей домашней лошади и некоторых других копытных следует признать палеотерии, вымершее животное третичного периода из отряда копытных; остатки его впервые были изучены и описаны знаменитым Кювье. — Далее вероятные прародители нашей домашней лошади особенно подробно изучены на ископаемых остатках в третичных отложениях Америки, где жили млекопитающие, похожие на лошадь, все вымершие еще до открытия Америки Колумбом. Первоначальные, еще не найденные прародители лошади имели по мнению Марша по пяти пальцев на передних и задних ногах; самый же древний известный прародитель это eohippus из южного Эоцена был ростом не более лисицы и имел на передних ногах по четыре хорошо развитых пальца и зачаток пятого, а на задних по три. — Выше в Эоцене находятся остатки orohippus, размерами тоже не более предыдущего, но с четырьмя пальцами на передних ногах и тремя на задних. — В верхнем Эоцене встречается epihippus с такими же ногами, но отличающийся по зубам. На границе Миоцена найден meso-hippus, величиной с овцу, с тремя развитыми и одним зачаточным пальцем на передних и тремя на задних ногах, несколько выше имеется miohippus или anchitaerium, у которого грифельная косточка пятого или наружного пальца уменьшилась до короткого зачатка. В Плиоцене изобиловал protohippus или hipparion, точно также вымершее животное третичного периода, происшедшее на равно с лошадью от вышеназванных ископаемых величиною с осла, с тремя пальцами на передних и задних ногах. Гиппарион или Гиппотериум числится в списках родоначальников лошади, хотя и жил в пределах нынешней Персии, одновременно с нею. Еще выше в Плиоцене, появляется близкий родственник современной лошади, род pliohippus с одним развитым пальцем, и наконец еще выше —